捷運工程局設有下列編制：

人員：
局長、副局長、總工程司、主任秘書、專門委員、副總工程司

科室：
綜合規劃科、土木建築科、工程管理科、機電工程科、土地開發科、資財管理科、秘書室、會計室、人事室、政風室