綜合規劃科：

大眾捷運路網規劃、路線及場站規劃、環境影響評估、營運規劃及財務計畫等事項。

工程管理科：

工務管理事務、工程經費編擬與時程預算管控、工程發包、品質管理、進度控 制及環境監測執行等事項。

土木建築科：

捷運工程之調查、測量、鑽探、設計、場站與附屬設施建築、景觀設計、材料規格及施工管理等事項。

機電工程科：

車輛、行車監控、供電、通訊、機廠維修設備及特種車輛、自動收費、監控及資料擷取系統（SCADA）、月臺門、軌道、水電環控、電梯、電扶梯等系統之規劃、設計、採購、製造、安裝、測試、審查、系統整合、試運轉、驗收及獨立驗證與認證(IV&V)管理等事項。

土地開發科：

大眾捷運用地取得、路權管理、土地開發及開發合約之管理等事項。

資財管理科：

大眾捷運財源籌措、預算管控、捷運財產管理及軌道建設發展基金管理等事項。

秘書室：

文書、檔案管理、公文管理、事務、印信、出納、採購、財產管理、法制、研考、資訊管理、公共關係、新聞發布、綜合業務及不屬於其他各科、室之事項。

人事室：

組織編制、分層負責、職務歸系、任免遷調、考績及平時考核、獎懲及各項優秀人員推薦、訓練進修業務、人事差勤管理、員工關懷、協助方案、退休撫卹資遣案件等事項。

政風室：

辦理廉政安全維護、預防宣傳及查處業務、協助辦理機關財產申報人員之相關業務、年度政風工作計畫之研擬、執行與檢討等事項。

會計室：

辦理歲計、會計及統計等事項。