捷運工程局設有下列編制：
人員：局長、副局長、總工程司、主任秘書、專門委員、副總工程司
科室：土木建築科、工程管理科、機電工程科、土地開發科、資財管理科、綜合規劃科、秘書室、會計室、人事室、政風室；另為工程施工需要，設第一工務所、第二工務所、第三工務所及機電工務所，組織架構圖如下：
